二級A型和B型生物安全柜的主要區別在于：B型安全柜必須安裝外接風機，并且氣體通過導管建筑物的排風系統直接排到實驗室外。如果沒有外接風機，安全柜的內部風機會將工作區內的空氣（和微生物因子）經過前臺操作人員，吹向操作人員的臉上，從而導為危險的狀況。此類安全柜不能算作性能平衡的安全柜，因為內置的風機只能產生下沉氣流，安全柜的工作還依賴外接風機產生進流。
　　
　　對于所有B型二級生物安全柜，可以考慮在風機的排氣出口端和建筑物排氣端口之間安裝空氣凈化系統，用以中和稀釋排氣中的化學毒霧，從而加強安全柜的環保性能。
　　
　　雖然B型生物安全柜在對進行化學物品操作時被廣泛使用，但是從理論上說，它的安全水平相對于A型安全柜已經大大提高。通過將空氣直接排到外界環境，它們更為妥善的安全防護，尤其是當HEPA過濾器出現故障時。